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苹果短信验证码自动填充功能消失的原因可能有以下几点。
1、短信验证码没有直接出现在短信中，导致无法识别并进行自动填充，此时可以尝试刷新验证码或重新获取短信。
2、自动填充短信验证码功能被关闭，可以在手机的设置中找到“密码与账户”或“自动填充”选项，查看是否开启了短信验证码的自动填充功能，如果没有开启，点击开启即可，具体操作可能因手机型号不同而略有差异。
3、iMessage功能没有被激活，iPhone的短信验证码自动填充功能依赖于iMessage信息，如果未激活此功能，验证码可能无法自动填充，可以在手机的设置中查看并开启iMessage功能。
如果以上方法都无法解决问题，可以尝试重启手机或者更新系统版本来解决该问题，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服进行咨询和进一步的技术支持。